El castilllo de San Juan de las Águilas fue construido en el siglo XVIII, aunque sus orígenes se remontan a la época cartaginense. Tras la expulsión de los árabes de la localidad el castillo fue abandonado.
Su reconstrucción se abordó en fechas posteriores sin gran éxito hasta que Carlos I (1530), por Real Cédula, lo mandó reedificar con el objetivo de vigilar la franja del litoral comprendida entre Vera y Mazarrón, que estaba amenazada por las incursiones de turcos y argelinos.

En 1579, bajo el mandato de Felipe II, se iniciaron las obras de este castillo, construyéndose en esta época la Torre de las Águilas, en honor a San Juan Bautista, convirtiéndose en una fortaleza de gran prestigio por su seguridad.

Debido al aumento del número de habitantes, Carlos III decició ampliar la fortaleza ( en el siglo XVIII),debido al incremento del número de habitantes del municipio y a los sucesivos ataques berberiscos a los que se encontraba sometido el puerto y su población. Esta nueva remodelación lo convirtió en uno de los castillos mejor fortificados del momento. 

Actualmente quedan muy pocos restos del esplendor de esta fortaleza. En una de las fachadas que actualmente se conservan se puede observar un escudo donde aparecerían dibujados los leones de Castilla. En recientes excavaciones realizadas se han descubierto en sus alrededores pasadizos subterráneos que, según leyendas populares, enlazaban con otro castillo de este mismo municipio, el castillo de Tébar.

El turista, además de disfrutar de esta fortaleza, desde su enclave puede disfrutar de una de una vista panorámica de la ciudad de Águilas.

Restaurado en 2007 y musealizado en 2009